Официальный список нововведений
* Фотореалистичная Зона отчуждения — воссозданные по реальным прототипам город Припять, ж-д станция Янов, завод «Юпитер», с. Копачи и др.
* Новый сюжет, ряд уникальных персонажей.
* Расширенная система побочных квестов.
* Новые монстры химера и бюрер. Новое поведение и возможности всех монстров.
* Новая система A-Life, созданная на основе наиболее понравившихся игрокам элементов первых двух игр серии.
* Выбросы существенно влияют на мир Зоны
* Добавлена функция сна в игру.
* Новый интерфейс игрока.
* Возможность продолжить игру после ее прохождения в режиме freeplay.
* Игра разрабатывается на движке X-Ray v.1.6
Нововведения согласно материалам из других источников
Из игровых журналов и видеороликов можно узнать некоторые дополнительные подробности нововведений:
* Все побочные квесты в игре создаются вручную, и их насчитывается 70 штук (8 сюжетных и 62 побочных).
* Введённая в игру Химера старается выходить на дистанцию атаки незамеченной и убегает, если замечена жертвой до этого.
* Введённый в игру Бюрер активно использует телекинетические способности, бросая в игрока предметы и даже пытаясь вырвать у него из рук оружие.
* Монстры наиболее активны ночью, а сталкеры — днём.
* Сталкеры ищут артефакты, а хищные монстры охотятся на травоядных.
* Будет значительное разнообразие новых NPC (некоторые из них созданы по лицам создателей игры)
* Перед выбросом сталкеры пытаются спрятаться в укрытиях, что может приводить к стычкам между ними.
* После выбросов расположение аномалий меняется.
* Ночью гораздо темнее, чем в предыдущих частях игры.
* Расстояния между зданиями, холмами, дорогами и другими реалистичными объектами в Зоне значительно увеличены, приближаясь к реальным масштабам.
* Интерфейс игрока существенно переработан.
* Комплекты брони разделены на две составляющие: шлем (или противогаз) и всё остальное.
* Убрана «война группировок», игрок, как и в первой части, не может вступить ни в одну из них.
* Численность группировок и вообще сталкеров в Зоне уменьшена.
* Пять не встречавшихся ранее игровых локаций, из которых три приблизительно 1,5×1,5 км размером, а две — подземные. Первая локация, «Затон» — холмистая местность в районе пересохшего русла реки с различными сельскохозяйственными сооружениями. Вторая локация, «Завод „Юпитер“» — урбанистический пейзаж. Третья локация, «Припять» — не центральная часть города Припять, воссозданая по спутниковой карте и фотоматериалам GSC.