Путь Андрея начинается в институте кибернетики и постепенно уводит всё дальше от знакомой реальности: к искажённым версиям привычных мест, древним сооружениям и мирам, существовавшим задолго до запуска АСПИС.
Исследуйте окружение, находите документы и записи, работайте с терминалами ОГАС и восстанавливайте события эксперимента. История раскрывается постепенно через сам мир, встречи с персонажами и кинематографичные сцены.
Исследование постепенно сменяется погонями и столкновениями. Стража нельзя просто застрелить: он преследует Андрея по коридорам и помещениям, заставляя использовать двери, окружение и маршрут для спасения.
С другими противниками можно сражаться. В распоряжении игрока пистолет Макарова, ближний бой и элементы окружения, но боеприпасы и ресурсы приходится искать по пути.
ПЭП-01 позволяет взаимодействовать с энергией X: захватывать и переносить её, запускать установки и менять состояние отдельных механизмов.
С его помощью Андрей также открывает астральные окна между разными слоями реальности. Объекты, недоступные в одном состоянии мира, можно увидеть и извлечь из другого, используя эту механику для исследования и решения пространственных задач.
Андрей не остаётся внутри АСПИС один. На его пути появляются другие добровольцы, Директор института и существа, для которых открытые машиной миры вовсе не являются неизвестностью.
Говорящий Кот-учёный знает древние переходы и явно понимает происходящее лучше, чем готов рассказать. В одном из миров Андрей встречает и Чёрта, а ответы разных персонажей далеко не всегда складываются в одну и ту же картину.
Чем дальше Андрей продвигается, тем теснее эксперимент переплетается с причиной, по которой он вообще согласился войти в АСПИС.
В финале игроку предстоит сделать один выбор, который определит судьбу Андрея и приведёт к одной из двух концовок.