ИЛЛЮЗИЯ МИРА РУШИТСЯ В 1964 году, предотвратив глобальную ядерную войну, герой по прозвищу Naked Snake торжественно получает титул Big Boss, но вскоре после церемонии исчезает.
Десять лет спустя Big Boss, командующий независимым военным подразделением в Колумбии, принимает двух гостей из Коста-Рики – страны, у которой нет собственной армии.
После Карибского кризиса, в условиях, когда Центральная Америка играет ключевую роль в поддержании баланса сил между Востоком и Западом, Коста-Рике чудом удаётся поддерживать на своей территории мир.
Однако хрупкое равновесие оказывается под угрозой: в регионе зафиксирована активность подозрительной вооружённой группировки.
Представители Коста-Рики просят Big Boss расследовать ситуацию и устранить эту группировку.
Тот колеблется, ведь на принесённой ими плёнке звучит голос The Boss, которого все считают мёртвым.
Данная игра предлагает не только напряжённые стелс-миссии в одиночном режиме, но и совместное прохождение с SENYU через онлайн-подключение, а также соревновательный многопользовательский режим с участием до шести игроков.
Поддержка ваших миссий будет осуществляться с расположенной в открытом море Mother Base.
Там расположены жилые помещения, исследовательские лаборатории для разработки оружия и снаряжения, хранилища для захваченной тяжёлой техники и многое другое. Увеличивая персонал базы Mother Base, вы расширяете её возможности, что добавляет в игру элементы симулятора.
Вместе с игрой также доступны Screenplay Book с внутриигровыми текстами из Metal Gear Solid: Peace Walker, и Master Book с подробной информацией о сюжете и персонажах.